| Docteur Fan Wang |
| LG2A, CNRS FRE 3517 |
| UFR de Pharmacie |
| Université de Picardie Jules Verne |
| 1, rue des Louvels |
| 80036 Amiens Cedex, France |
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| E-mail : fan.wang_at_u-picardie.fr; fan.wang_at_q4md-forcefieldtools.org |
| Site web : http://q4md-forcefieldtools.org/FW |
| Numéro de téléphone : +33-6-2853-7733 |
| Nationalité : Chinoise |
| Date de naissance : Août 1986 |
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Situation actuelle
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Chercheur associé au projet q4md-forcefieldtools
A la recherche d'une position dans le domaine académique (en chimie théorique et informatique, bio-informatique ou dans le calcul scientifique). |
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Education
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| Oct 2014 |
Doctorat en Chimie Informatique et Théorique
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Titre : Développements informatiques et études structurales de complexes bioinorganiques par dynamique moléculaire |
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Manuscript : http://q4md-forcefieldtools.org/FW/Thesis |
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Université de Picardie Jules Verne, Amiens, France
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| 2010 |
Master en Informatique
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Université de Picardie Jules Verne, Amiens, France
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| 2008 |
Licence en Informatique
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Université de Picardie Jules Verne, Amiens, France
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| 2007 |
Licence en Mathématiques
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Université de Picardie Jules Verne, Amiens, France
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| 2005 |
Licence un en Mathématiques
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Huazhong University of Science and Technology, Wuhan, China
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Compétences et réalisations
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Logiciels de calcul scientifique et de modélisation moléculaire : |
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Développement des outils PyRED (ou R.E.D. Python, langage de programmation Python) et R.E.D. Server Development (http://q4md-forcefieldtools.org/REDServer-Development) pour la génération de champs de forces (Amber et Glycam).
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Optimisation du programme R.E.D. IV (langage de programmation Perl)
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Simulations de dynamique moléculaire avec les programmes pmemd et sander (AMBER) |
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Visualisation de molécules (VMD, GaussView, Avogadro, PyMol) |
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Chimie quantique (Gaussian, GAMESS, Firefly) |
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Babel (conversion de format de fichier), BKchem (dessin en deux dimensions) |
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Programmation et Systèmes d'exploitation : |
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Développement avec des langages : Python, Perl, C/C++, Fortran, Java |
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Développement Web : XHTML, PHP, JavaScript, MySQL, CSS |
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Expérience avec les logiciels de mathématiques (Matlab, Scilab) |
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Programmation parallèle MPI et OpenMP |
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Scripts Shell (tcsh, bash, sed, awk) |
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Installation et gestion de Linux sur stations de travail et grappe d'ordinateurs (administration, installation et compilation de programmes, gestionnaire de queue PBS) |
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Langues
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| Chinois |
langue maternelle
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| Français |
écrit, lu, parlé
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| Anglais |
écrit, lu, parlé
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Expérience de recherche
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Oct 2011 - Nov 2014 :
LG2A, CNRS FRE 3517, UFR de Pharmacie, Université de Picardie Jules Verne
Doctorant, Superviseur : Professeur F.-Y. Dupradeau
- Projet : Développement de champs de forces empiriques par une approche de programmation orientée objet et simulations de dynamique moléculaire de complexes bioinorganiques
- Projet international France-USA entre l'Université de Picardie Jules Verne et le Sanford Burnham Medical Research Institut, San Diego, USA
- Bourse du "Conseil Régional de Picardie" et du "Fonds Européen de Développement Régional"
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Jan 2010 - Aug 2010:
Doonya Technologies, Lille, France - Université de Picardie Jules Verne
Master, Superviseur : Professeur A. Lapujade
- Projet : Développement de l'application WebConf pour contrôler des conférences par Internet selon le protocole Voice Over Internet (VOIP Asterisk, PHP, Javascript, C/C++, Linux)
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Publications
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Object oriented programming for Amber force fields: application to the study of bioinorganic complexes by molecular dynamics simulation
F. Wang, J.-P. Becker, P. Cieplak, F.-Y. Dupradeau.(en preparation)
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Beta-hematin crystal formation: first insights from molecular dynamics of small clusters in water
J.-P. Becker, F. Wang, P. Sonnet, F.-Y. Dupradeau, J. Am. Chem. Soc. submitted Jul 28, 2015.
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Effects of Hypoxanthine Substitution in Peptide Nucleic Acids Targeting KRAS2 Oncogenic mRNA Molecules: Theory and Experiment
J. M. Sanders, M. E. Wampole, C.-P. Chen, D. Sethi, A. Singh,
F.-Y. Dupradeau, F. Wang, B. D. Gray, M. L. Thakur & E. Wickstrom,
J. Phys. Chem. B 2013, 117, 11584-11595.
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Communications
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R.E.D. Python: Application of object oriented programming
to charge derivation and force field library building for the Amber
additive and non-additive force field models
F. Wang, J.-P. Becker, P. Cieplak, F.-Y. Dupradeau, GGMM
2013 meeting (Groupe Graphisme et Modélisation Moléculaire), Ile
d'Oléron, May 21-23, 2013.
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R.E.D. Python: Object oriented programming for Amber force fields
F. Wang, J.-P. Becker, P. Cieplak, F.-Y. Dupradeau, 247th American Chemical Society national meeting, Dallas, TX, March 16-20, 2014.
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Programme, serveur web et tutorial
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R.E.D. Server Development - Performing calculations with the PyRED program : Application to charge derivation, force field library building and force field parameter generation
Fan Wang,[1] Jean-Paul Becker,[1] Piotr Cieplak,[2] François-Yves Dupradeau[1]
[1] FRE CNRS 3517 & UFR de Pharmacie, Université de Picardie - Jules Verne, rue des Louvels, Amiens, France
[2] Sanford | Burnham Medical Resesearch Institute, 10901 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA
http://q4md-forcefieldtools.org/Tutorial/Tutorial-4.php
http://q4md-forcefieldtools.org/REDServer-Development
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Références
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F.-Y. Dupradeau, Professeur de chimie; LG2A, CNRS FRE 3517, UFR de pharmacie, Université de Picardie Jules Verne, Amiens, France
E-mail : fyd_at_u-picardie.fr, Numéro de téléphone : +33-3-2282-7498 |
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P. Cieplak, Research Associate Professor; Sanford Burnham Medical Research Institut, San Diego, USA
E-mail : pcieplak_at_sanfordburnham.org, Numéro de téléphone : +1-858-646-3100 x 3076 |
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Y. Li, Professeur d'informatique; UFR de Mathématiques et d'Informatique, Université de Picardie Jules Verne
E-mail : yu.li_at_u-picardie.fr, Numéro de téléphone : +33-3-2282-7872 |
