# R.E.DD.B. project F-45 # # Authors of the project: # F.-Y. Dupradeau, A. Pigache, T. Zaffran, R. Lelong, N. Grivel & P. Cieplak # # January 2006 # Please rename each tripos file: # tripos1.mol2 => DA3.mol2 # tripos2.mol2 => DA5.mol2 # tripos3.mol2 => DA.mol2 # tripos4.mol2 => DAN.mol2 # etc... logFile leap-mol2tooff.log alias e edit alias q quit alias c charge verbosity 2 DA3 = loadmol2 DA3.mol2 set DA3 name "DA3" set DA3 head DA3.1.P # tail = null set DA3.1 connect0 DA3.1.P set DA3.1 connect1 DA3.1.H3T set DA3.1 restype nucleic set DA3.1 name "DA3" # set FF atom types set DA3.1.P type P set DA3.1.O1P type O2 set DA3.1.O2P type O2 set DA3.1.O5' type OS set DA3.1.O3' type OH set DA3.1.H3T type HO set DA3.1.C5' type CT set DA3.1.H5'1 type H1 set DA3.1.H5'2 type H1 set DA3.1.O4' type OS set DA3.1.C4' type CT set DA3.1.H4' type H1 set DA3.1.C3' type CT set DA3.1.H3' type H1 set DA3.1.C2' type CT set DA3.1.H2'1 type HC set DA3.1.H2'2 type HC set DA3.1.C1' type CT set DA3.1.H1' type H2 set DA3.1.N6 type N2 set DA3.1.H61 type H set DA3.1.H62 type H set DA3.1.C6 type CA set DA3.1.C5 type CB set DA3.1.N7 type NB set DA3.1.C8 type CK set DA3.1.H8 type H5 set DA3.1.N9 type "N*" set DA3.1.C4 type CB set DA3.1.N3 type NC set DA3.1.C2 type CQ set DA3.1.H2 type H5 set DA3.1.N1 type NC # save the OFF library saveoff DA3 DA3.off DA5 = loadmol2 DA5.mol2 set DA5 name "DA5" # head = null set DA5 tail DA5.1.O3' set DA5.1 connect0 DA5.1.H5T set DA5.1 connect1 DA5.1.O3' set DA5.1 restype nucleic set DA5.1 name "DA5" # set FF atom types set DA5.1.O5' type OH set DA5.1.H5T type HO set DA5.1.O3' type OS set DA5.1.C5' type CT set DA5.1.H5'1 type H1 set DA5.1.H5'2 type H1 set DA5.1.O4' type OS set DA5.1.C4' type CT set DA5.1.H4' type H1 set DA5.1.C3' type CT set DA5.1.H3' type H1 set DA5.1.C2' type CT set DA5.1.H2'1 type HC set DA5.1.H2'2 type HC set DA5.1.C1' type CT set DA5.1.H1' type H2 set DA5.1.N6 type N2 set DA5.1.H61 type H set DA5.1.H62 type H set DA5.1.C6 type CA set DA5.1.C5 type CB set DA5.1.N7 type NB set DA5.1.C8 type CK set DA5.1.H8 type H5 set DA5.1.N9 type "N*" set DA5.1.C4 type CB set DA5.1.N3 type NC set DA5.1.C2 type CQ set DA5.1.H2 type H5 set DA5.1.N1 type NC # save the OFF library saveoff DA5 DA5.off DA = loadmol2 DA.mol2 set DA name "DA" set DA head DA.1.P set DA tail DA.1.O3' set DA.1 connect0 DA.1.P set DA.1 connect1 DA.1.O3' set DA.1 restype nucleic set DA.1 name "DA" # set FF atom types set DA.1.P type P set DA.1.O1P type O2 set DA.1.O2P type O2 set DA.1.O5' type OS set DA.1.O3' type OS set DA.1.C5' type CT set DA.1.H5'1 type H1 set DA.1.H5'2 type H1 set DA.1.O4' type OS set DA.1.C4' type CT set DA.1.H4' type H1 set DA.1.C3' type CT set DA.1.H3' type H1 set DA.1.C2' type CT set DA.1.H2'1 type HC set DA.1.H2'2 type HC set DA.1.C1' type CT set DA.1.H1' type H2 set DA.1.N6 type N2 set DA.1.H61 type H set DA.1.H62 type H set DA.1.C6 type CA set DA.1.C5 type CB set DA.1.N7 type NB set DA.1.C8 type CK set DA.1.H8 type H5 set DA.1.N9 type "N*" set DA.1.C4 type CB set DA.1.N3 type NC set DA.1.C2 type CQ set DA.1.H2 type H5 set DA.1.N1 type NC # save the OFF library saveoff DA DA.off DAN = loadmol2 DAN.mol2 set DAN name "DAN" # head & tail = null set DAN.1 connect0 DAN.1.H5T set DAN.1 connect1 DAN.1.H3T set DAN.1 restype nucleic set DAN.1 name "DAN" # set FF atom types set DAN.1.O5' type OH set DAN.1.H5T type HO set DAN.1.O3' type OH set DAN.1.H3T type HO set DAN.1.C5' type CT set DAN.1.H5'1 type H1 set DAN.1.H5'2 type H1 set DAN.1.O4' type OS set DAN.1.C4' type CT set DAN.1.H4' type H1 set DAN.1.C3' type CT set DAN.1.H3' type H1 set DAN.1.C2' type CT set DAN.1.H2'1 type HC set DAN.1.H2'2 type HC set DAN.1.C1' type CT set DAN.1.H1' type H2 set DAN.1.N6 type N2 set DAN.1.H61 type H set DAN.1.H62 type H set DAN.1.C6 type CA set DAN.1.C5 type CB set DAN.1.N7 type NB set DAN.1.C8 type CK set DAN.1.H8 type H5 set DAN.1.N9 type "N*" set DAN.1.C4 type CB set DAN.1.N3 type NC set DAN.1.C2 type CQ set DAN.1.H2 type H5 set DAN.1.N1 type NC # save the OFF library saveoff DAN DAN.off # ------------------------- DC3 = loadmol2 DC3.mol2 set DC3 name "DC3" set DC3 head DC3.1.P # tail = null set DC3.1 connect0 DC3.1.P set DC3.1 connect1 DC3.1.H3T set DC3.1 restype nucleic set DC3.1 name "DC3" # set FF atom types set DC3.1.P type P set DC3.1.O1P type O2 set DC3.1.O2P type O2 set DC3.1.O5' type OS set DC3.1.O3' type OH set DC3.1.H3T type HO set DC3.1.C5' type CT set DC3.1.H5'1 type H1 set DC3.1.H5'2 type H1 set DC3.1.O4' type OS set DC3.1.C4' type CT set DC3.1.H4' type H1 set DC3.1.C3' type CT set DC3.1.H3' type H1 set DC3.1.C2' type CT set DC3.1.H2'1 type HC set DC3.1.H2'2 type HC set DC3.1.C1' type CT set DC3.1.H1' type H2 set DC3.1.N4 type N2 set DC3.1.H41 type H set DC3.1.H42 type H set DC3.1.C4 type CA set DC3.1.N3 type NC set DC3.1.C2 type C set DC3.1.O2 type O set DC3.1.N1 type "N*" set DC3.1.C6 type CM set DC3.1.H6 type H4 set DC3.1.C5 type CM set DC3.1.H5 type HA # save the OFF library saveoff DC3 DC3.off DC5 = loadmol2 DC5.mol2 set DC5 name "DC5" # head = null set DC5 tail DC5.1.O3' set DC5.1 connect0 DC5.1.H5T set DC5.1 connect1 DC5.1.O3' set DC5.1 restype nucleic set DC5.1 name "DC5" # set FF atom types set DC5.1.O5' type OH set DC5.1.H5T type HO set DC5.1.O3' type OS set DC5.1.C5' type CT set DC5.1.H5'1 type H1 set DC5.1.H5'2 type H1 set DC5.1.O4' type OS set DC5.1.C4' type CT set DC5.1.H4' type H1 set DC5.1.C3' type CT set DC5.1.H3' type H1 set DC5.1.C2' type CT set DC5.1.H2'1 type HC set DC5.1.H2'2 type HC set DC5.1.C1' type CT set DC5.1.H1' type H2 set DC5.1.N4 type N2 set DC5.1.H41 type H set DC5.1.H42 type H set DC5.1.C4 type CA set DC5.1.N3 type NC set DC5.1.C2 type C set DC5.1.O2 type O set DC5.1.N1 type "N*" set DC5.1.C6 type CM set DC5.1.H6 type H4 set DC5.1.C5 type CM set DC5.1.H5 type HA # save the OFF library saveoff DC5 DC5.off DC = loadmol2 DC.mol2 set DC name "DC" set DC head DC.1.P set DC tail DC.1.O3' set DC.1 connect0 DC.1.P set DC.1 connect1 DC.1.O3' set DC.1 restype nucleic set DC.1 name "DC" # set FF atom types set DC.1.P type P set DC.1.O1P type O2 set DC.1.O2P type O2 set DC.1.O5' type OS set DC.1.O3' type OS set DC.1.C5' type CT set DC.1.H5'1 type H1 set DC.1.H5'2 type H1 set DC.1.O4' type OS set DC.1.C4' type CT set DC.1.H4' type H1 set DC.1.C3' type CT set DC.1.H3' type H1 set DC.1.C2' type CT set DC.1.H2'1 type HC set DC.1.H2'2 type HC set DC.1.C1' type CT set DC.1.H1' type H2 set DC.1.N4 type N2 set DC.1.H41 type H set DC.1.H42 type H set DC.1.C4 type CA set DC.1.N3 type NC set DC.1.C2 type C set DC.1.O2 type O set DC.1.N1 type "N*" set DC.1.C6 type CM set DC.1.H6 type H4 set DC.1.C5 type CM set DC.1.H5 type HA # save the OFF library saveoff DC DC.off DCN = loadmol2 DCN.mol2 set DCN name "DCN" # head & tail = null set DCN.1 connect0 DCN.1.H5T set DCN.1 connect1 DCN.1.H3T set DCN.1 restype nucleic set DCN.1 name "DCN" # set FF atom types set DCN.1.O5' type OH set DCN.1.H5T type HO set DCN.1.O3' type OH set DCN.1.H3T type HO set DCN.1.C5' type CT set DCN.1.H5'1 type H1 set DCN.1.H5'2 type H1 set DCN.1.O4' type OS set DCN.1.C4' type CT set DCN.1.H4' type H1 set DCN.1.C3' type CT set DCN.1.H3' type H1 set DCN.1.C2' type CT set DCN.1.H2'1 type HC set DCN.1.H2'2 type HC set DCN.1.C1' type CT set DCN.1.H1' type H2 set DCN.1.N4 type N2 set DCN.1.H41 type H set DCN.1.H42 type H set DCN.1.C4 type CA set DCN.1.N3 type NC set DCN.1.C2 type C set DCN.1.O2 type O set DCN.1.N1 type "N*" set DCN.1.C6 type CM set DCN.1.H6 type H4 set DCN.1.C5 type CM set DCN.1.H5 type HA # save the OFF library saveoff DCN DCN.off # ------------------------- DG3 = loadmol2 DG3.mol2 set DG3 name "DG3" set DG3 head DG3.1.P # tail = null set DG3.1 connect0 DG3.1.P set DG3.1 connect1 DG3.1.H3T set DG3.1 restype nucleic set DG3.1 name "DG3" # set FF atom types set DG3.1.P type P set DG3.1.O1P type O2 set DG3.1.O2P type O2 set DG3.1.O5' type OS set DG3.1.O3' type OH set DG3.1.H3T type HO set DG3.1.C5' type CT set DG3.1.H5'1 type H1 set DG3.1.H5'2 type H1 set DG3.1.O4' type OS set DG3.1.C4' type CT set DG3.1.H4' type H1 set DG3.1.C3' type CT set DG3.1.H3' type H1 set DG3.1.C2' type CT set DG3.1.H2'1 type HC set DG3.1.H2'2 type HC set DG3.1.C1' type CT set DG3.1.H1' type H2 set DG3.1.N2 type N2 set DG3.1.H21 type H set DG3.1.H22 type H set DG3.1.O6 type O set DG3.1.C6 type C set DG3.1.C5 type CB set DG3.1.N7 type NB set DG3.1.C8 type CK set DG3.1.H8 type H5 set DG3.1.N9 type "N*" set DG3.1.C4 type CB set DG3.1.N3 type NC set DG3.1.C2 type CA set DG3.1.N1 type NA set DG3.1.H1 type H # save the OFF library saveoff DG3 DG3.off DG5 = loadmol2 DG5.mol2 set DG5 name "DG5" # head = null set DG5 tail DG5.1.O3' set DG5.1 connect0 DG5.1.H5T set DG5.1 connect1 DG5.1.O3' set DG5.1 restype nucleic set DG5.1 name "DG5" # set FF atom types set DG5.1.O5' type OH set DG5.1.H5T type HO set DG5.1.O3' type OS set DG5.1.C5' type CT set DG5.1.H5'1 type H1 set DG5.1.H5'2 type H1 set DG5.1.O4' type OS set DG5.1.C4' type CT set DG5.1.H4' type H1 set DG5.1.C3' type CT set DG5.1.H3' type H1 set DG5.1.C2' type CT set DG5.1.H2'1 type HC set DG5.1.H2'2 type HC set DG5.1.C1' type CT set DG5.1.H1' type H2 set DG5.1.N2 type N2 set DG5.1.H21 type H set DG5.1.H22 type H set DG5.1.O6 type O set DG5.1.C6 type C set DG5.1.C5 type CB set DG5.1.N7 type NB set DG5.1.C8 type CK set DG5.1.H8 type H5 set DG5.1.N9 type "N*" set DG5.1.C4 type CB set DG5.1.N3 type NC set DG5.1.C2 type CA set DG5.1.N1 type NA set DG5.1.H1 type H # save the OFF library saveoff DG5 DG5.off DG = loadmol2 DG.mol2 set DG name "DG" set DG head DG.1.P set DG tail DG.1.O3' set DG.1 connect0 DG.1.P set DG.1 connect1 DG.1.O3' set DG.1 restype nucleic set DG.1 name "DG" # set FF atom types set DG.1.P type P set DG.1.O1P type O2 set DG.1.O2P type O2 set DG.1.O5' type OS set DG.1.O3' type OS set DG.1.C5' type CT set DG.1.H5'1 type H1 set DG.1.H5'2 type H1 set DG.1.O4' type OS set DG.1.C4' type CT set DG.1.H4' type H1 set DG.1.C3' type CT set DG.1.H3' type H1 set DG.1.C2' type CT set DG.1.H2'1 type HC set DG.1.H2'2 type HC set DG.1.C1' type CT set DG.1.H1' type H2 set DG.1.N2 type N2 set DG.1.H21 type H set DG.1.H22 type H set DG.1.O6 type O set DG.1.C6 type C set DG.1.C5 type CB set DG.1.N7 type NB set DG.1.C8 type CK set DG.1.H8 type H5 set DG.1.N9 type "N*" set DG.1.C4 type CB set DG.1.N3 type NC set DG.1.C2 type CA set DG.1.N1 type NA set DG.1.H1 type H # save the OFF library saveoff DG DG.off DGN = loadmol2 DGN.mol2 set DGN name "DGN" # 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save the OFF library saveoff DT5 DT5.off DT = loadmol2 DT.mol2 set DT name "DT" set DT head DT.1.P set DT tail DT.1.O3' set DT.1 connect0 DT.1.P set DT.1 connect1 DT.1.O3' set DT.1 restype nucleic set DT.1 name "DT" # set FF atom types set DT.1.P type P set DT.1.O1P type O2 set DT.1.O2P type O2 set DT.1.O5' type OS set DT.1.O3' type OS set DT.1.C5' type CT set DT.1.H5'1 type H1 set DT.1.H5'2 type H1 set DT.1.O4' type OS set DT.1.C4' type CT set DT.1.H4' type H1 set DT.1.C3' type CT set DT.1.H3' type H1 set DT.1.C2' type CT set DT.1.H2'1 type HC set DT.1.H2'2 type HC set DT.1.C1' type CT set DT.1.H1' type H2 set DT.1.O4 type O set DT.1.C4 type C set DT.1.N3 type NA set DT.1.H3 type H set DT.1.C2 type C set DT.1.O2 type O set DT.1.N1 type "N*" set DT.1.C6 type CM set DT.1.H6 type H4 set DT.1.C5 type CM set DT.1.C7 type CT set DT.1.H71 type HC set DT.1.H72 type HC set DT.1.H73 type HC # save the OFF library saveoff DT DT.off DTN = loadmol2 DTN.mol2 set DTN name "DTN" # head & tail = null set DTN.1 connect0 DTN.1.H5T set DTN.1 connect1 DTN.1.H3T set DTN.1 restype nucleic set DTN.1 name "DTN" # 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